設定方法は簡単！functions.phpに以下を追加するだけです。

function get_the_category_orderby_setting( $categories ) {
    usort( $categories, '_usort_terms_by_ID');
    return $categories;
}
add_filter( 'get_the_categories', 'get_the_category_orderby_setting' );

上記のソースでは、IDが小さいカテゴリーを優先します。

「_usort_terms_by_ID」部分を変更することでカテゴリー順は自由に変更可能です。

一覧ページでは1記事に対し1つのカテゴリーしか表示しない場合など、親カテゴリーを必ず表示したいこともあるかと思いますので、その場合に是非お使い下さい。

それ以外にも既にできたテーマなどを使う場合、いちいちテーマ内のソースを1つ1つ改修せずとも一括でカテゴリー順番が変更できるので便利です。